Essa imagem é a minha estrutura
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Acredito que você tenha seguido o video de Desenvolvimento Web com Flask.
Nesse video criamos o frontend e backend interligados através do Jinja.
Para separar o frontend do backend, basta você criar um projeto a parte de frontend e se comunicar através de JSON.
Ao invés de retornar dados do backend usando render_template, você retorna apenas a variavel de contexto, transformando o retorno do backend em um JSON.
Dessa forma, você pode requisitar o backend pelo seu frontend e utilizar os dados de retorno para manipular os elementos (caso esteja usando javascript puro) ou então usar um framework em typescript como React/Angular/Vue para montar os componentes do seu frontend dinamicamente.